Bà thường được biết đến dưới cái tên [Từ Hi Thái hậu], nhưng đây không phải là tên thật của bà mà là tôn hiệu do các Hoàng đế Đồng Trị cùng Quang Tự chọn dâng lên. Tên khai sinh của Từ Hi Thái hậu không được sử sách ghi lại, nhưng trong một cuốn sách gần đây do hậu duệ của em trai bà xuất bản có nhắc đến cái tên Hạnh Trinh (杏貞).

Vào cuối tháng 8 năm 1861, Hàm Phong Đế qua đời. Con trai bà lên nối ngôi, lấy niên hiệu là Đồng Trị. Với thân phận mẹ của Hoàng đế nhưng chỉ là phi tần, ban đầu bà được tôn làm Hoàng Quý Thái Phi. Về sau, Đồng Trị Đế dựa vào điển chế cũ, bà được tôn phong là [Thánh Mẫu Hoàng thái hậu] với tên hiệu là Từ Hi (慈禧; có nghĩa là "hiền hòa" và "tốt lành"). Hoàng hậu Nữu Hỗ Lộc thị của Hàm Phong Đế do là Trung cung Hoàng hậu, được tôn phong làm [Mẫu Hậu Hoàng thái hậu] - danh hiệu để chỉ rằng địa vị của bà cao hơn Từ Hi - với tên hiệu là Từ An (慈安; có nghĩa "hiền hòa" và "tĩnh lặng"). Trong thế giới Đông Á, phía Đông là dành cho chính, nên Từ An Thái hậu khi ngồi sau rèm nghe chính, ở hướng Đông, đương thời thông gọi là [Đông Thái hậu]; Từ Hi Thái hậu ở hướng Tây nên đương thời thông gọi [Tây Thái hậu].

Kể từ năm 1861, Từ Hi Thái hậu được thêm tên hiệu 7 lần (mỗi lần 2 chữ) theo điển lệ (Thái Hậu được thêm tên hiệu 9 lần, nâng tổng số chữ đầy đủ có thể lên đến 20 chữ). Đến cuối đời, tên hiệu của bà dài đến 16 chữ, bắt đầu bằng Từ Hi, đầy đủ là: Đại Thanh quốc Đương Kim Từ Hi Đoan Hựu Khang Di Chiêu Dự Trang Thành Thọ Cung Khâm Hiến Sùng Hi Thánh Mẫu Hoàng thái hậu (大清國當今慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙聖母皇太后), gọi ngắn gọn lại là Đại Thanh quốc Đương Kim Thánh Mẫu Hoàng thái hậu (大清國當今聖母皇太后).

Trong đại nội, Từ Hi Thái hậu còn được gọi là [Lão Phật gia; 老佛爺] - một danh hiệu tôn kính được người trong cung để tôn địa vị thần thánh của Từ Hi Thái hậu, và bà được tung hô là Đại Thanh quốc Đương Kim Thánh Mẫu Hoàng Thái hậu Vạn tuế Vạn tuế Vạn vạn tuế (大清國當今聖母皇太后萬歲萬歲萬萬歲). Danh xưng [Vạn tuế], theo điển lệ trước nay, chỉ có Hoàng đế được dùng, còn Thái hậu vốn chỉ được dùng danh xưng [Thiên tuế; 千歲], điều này cho thấy quyền hành lớn của Từ Hi Thái hậu vào lúc ấy.

Lúc qua đời, Từ Hi Thái hậu được mang thuỵ hiệu của Hoàng hậu gồm các tên hiệu bà có lúc còn sống cùng với một số tên hiệu mới. Bà chỉ là Quý phi của Hàm Phong Đế, vì sinh ra Đồng Trị Đế mới được tôn Thái hậu, nhưng về sau vẫn gọi là Hoàng hậu. Đây là vì danh xưng Thái hậu vốn dành cho "Hoàng hậu của Tiên đế", nên dù trước đó chỉ là tần phi, nhưng đã được tôn làm Thái hậu thì thụy hiệu của người đó vẫn sẽ trở thành Hoàng hậu, như trường hợp trước đó là Hiếu Trang Văn Hoàng hậu, Hiếu Thánh Hiến Hoàng hậu hoặc Hiếu Tĩnh Thành hoàng hậu. Thuỵ hiệu đầy đủ của bà là Hiếu Khâm Từ Hi Đoan Hựu Khang Di Chiêu Dự Trang Thành Thọ Cung Khâm Hiến Sùng Hi Phối Thiên Hưng Thánh Hiển Hoàng hậu (孝欽慈禧耑祐康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙配天興聖顯皇后). Bà là Hoàng hậu có thuỵ hiệu dài nhất trong lịch sử Nhà Thanh, thậm chí còn dài hơn hai chính cung của Hàm Phong là Hiếu Đức Hiển Hoàng hậu và Hiếu Trinh Hiển Hoàng hậu.